في إطار اهتمام الصندوق بترقيته لأدائه لتقديم خدمة سريعة ومتميزة تلبي تطلعات المعاشيين والشركاء ومواكبة لسياسة الدولة وتنفيذا لتوجيه السيد/ رئيس الجمهورية بتطبيق مبادئ الجودة والامتياز بمؤسسات الدولة ، تبني الصندوق خطة لتنفيذ الجودة والتميز المؤسسي اعتبارا من العام 2006م بالتنسيق مع المجلس الأعلى للجودة والامتياز برئاسة الجمهورية سعيا نحو التحسين المستمر لأدوات عمله بهدف الحصول على رضا عملائه .
طبق الصندوق نظام إدارة الجودة ISO:9001:2008 اعتبارا من 1/1/2009م وحصل على شهادة الآيزو بالرقم Fs 553352 في 15/10/2009م لدورة أولي حتى 14/10/2012م وجددت لدوره ثانية حتى 14/10/2015م كما جددت لدوره ثالثة 12/10/2015م- 14/10/2018م وتتواصل مسيرة الصندوق في هذا المجال بسعيه حالياً إلي عقد دورات تدريبية لمتطلبات المواصفة الجديدة 9001:2015م التي أجيزت في 15/9/2015م ليتم الانتقال إلي ISO:9001:2015 للمواصلة على أساسها في جميع فروع الصندوق الولائية .