بشكل عام يترأس مجالس رعاية الطفولة الولائية الوالي وعضوية الوزراء المختصين وذلك على نسق الهيكل التنظيمي للمجلس القومي لرعاية الطفولة وتمارس المجالس الولائية لرعاية الطفولة إختصاصاتها في حدود الولاية المعنية حيث تعتبر من أهم آليات المجلس القومي لرعاية الطفولة على المستوى الولائي وفي سبيل الإرتقاء بعمل مجالس الطفولة الولائية يجتمع أمناء هذه المجالس سنوياً بالخرطوم للحوار والتفاكر والوصول إلى إجراءات عملية للإرتقاء بالتنسيق في قضايا حماية الطفولة بين المركز والولايات.